Vielleicht ist ein nicht zu unterschätzender Punkt die "Kleinräumigkeit" der Alpenländer. In der Schweiz und in Österreich waren/sind diese beiden Projekte quasi die einzigen Großprojekte dieser Art und haben landesweite Bedeutung.
In Deutschland interessiert den auf die verspätete Stadtbahn wartenden Fahrgast in Berlin nicht wirklich wie die Anbindung an einen schweizer Tunnel ist. Die Leute, die an der möglichen Strecke im Inntal wohnen interessiert das aber sehr. Der Einfluss reicht dann gerne bis zur Landespolitik, so dass auf dieser Ebene dann blockiert wird.
Generell scheinen diese Themen auch nicht geeignet politische Mehrheiten zu generieren.
Es wird übrigens dieselben Probleme bei Fehmarnbelt-Tunnel für die Straße geben.
Allgemein scheint es an einem gemeinsamen Plan für die Infrastruktur in Deutschland zu mangeln. Dabei spielen natürlich die Lobbyverbände, die die Schiene schwächen wollen eine wichtige Rolle, die Lokalpolitik, die dann aber unbedingt noch einen Halt im nirgendwo will, hilft natürlich auch eher wenig. (Wobei der Lobbyeismus des Transportgewerbes u.ä. schon der größere Punkt ist)
In der Schweiz hilft sicherlich auch die Volksabstimmung über solche Themen.