rm -v ~/.mozilla/firefox/*.default/webappsstore.sqlite

Und tschüss ihr Super Cookies. :-)
Unter about:config ließe sich auch dom.storage.enabled vom default
boolean true auf false umstellen. 
Kleine Schweinereien wie etwa Rechte entziehen wären auch möglich.
Oder man biegt das gleich auf ein TMPFS um, dann kommt die Amnesie
automagisch beim Rechner runterfahren, das wäre die eleganteste und
sauberste Lösung.