Alliierte haben das Grundgesetz eingeschränkt

Ja, das Grundgesetz gilt für alle. Jedoch wurde damals im Besatzungsrecht eine Ausnahme eingeführt für eben die Nazi-Verbrecher. Man wollte verhindern, dass jene Übeltäter und Verbrecher sich im Schutz des Grundgesetzes davon machen würden.
Die Nürnberger Prozesse sind daher auch kein rechtsstaatlicher Prozess wie bei uns heute, sondern auf anderer Grundlage gemacht worden. Das dt. Grundgesetz galt dem gar nicht.