100% Ethanol oder Methanol sind nichtmöglich, da beide Alkohole Wasser ansaugen und zwar so begierig, dass sie es sogar der Umgebungsluft entziehen. Sie verunreinigen sich also sofort selbst. Deswegen ist es wirtschaftlich vorteilhaft, von vornherein einen kleinen Wasseranteil drin zu lassen.
Alkohol zu verbrennnen statt Brennstoffzellen zu nutzen hat prinzipiell den gleichen Nachteil wie Benzin zu verbrennen: Es entstehen Nebenprodukte, die als Umweltgifte angesehen werden: Kohlenmonoxid, Stickoxide, aromatische Kohlenwasserstoffe. Die Anteile dieser Stoffe am Ausuffgas sind zwar anders, aber das Problem ist grundsätzlich das gleiche. Die Brennstoffzelle hat das Problem nicht, da hier nur genau die chemische Reaktion stattfindet, die beabsichtigt ist.