Die einzige nukleare Variante der Tomahawk ( UGM-109A) wurde vor über zehn Jahren ausgemustert.
Sie hatte das Ende ihrer Lebensdauer erreicht hatten und lagerte schon jahrelang nur noch in den Depots, nämlich seit die USA nach 9/11 ihre Streitkräfte auf den "Krieg gegen den Terror" ausrichteten und aus Sicherheitsgründen alle Atomwaffen von ihren Überwasserkriegsschiffen abzogen. Es gab keinen Grund, sie für viel Geld weiter einsatzfähig zu halten oder gar durch noch kostenintensivere Neuanschaffungen zu ersetzen, weil sie für die Verteidigung der USA als nutzlos angesehen wurden.
Alle neueren Varianten der Tomahawk tragen ausschließlich konventionelle Sprengköpfe.