Das ist kein Widerspruch. Es geht beides.
Menschen habe ja mindestens zwei Eltern, und daher ist alleine schon dadurch die Möglichkeit gegeben, dass sich Populationen mischen.
Die Genanalysen sind aber immer linear. Wenn bei einem Mann das Y-Chromosom untersucht wird, dann gibt es daraus keinen Hinweis auf seine mütterliche Abstammung. Und wenn seine mDNA untersucht wird, keinerlei Hinweis auf die väterliche.
Untersucht man beides, so kann man zwar auf den Vater des Vaters und die Mutter der Mutter schließen, aber man hat auch Gene des Vaters der Mutter und der Mutter des Vaters geerbt. Wenn man mehr als 6 Generationen zurückgeht, dann hat man von etwa der Hälfte der damals lebenden Vorfahre überhaupt keine direkt vererbten Gene mehr abbekommen.
Denn bei 46 Chromosomen und einem mDNA-Satz und 2 hoch 6 gleich 64 Vorfahren (ohne Ahnenschwund) sind - Chromosomen-Cross-Over ausgenommen) mindestens 17 Vorfahren vorhanden, deren DNA man nicht hat, vermutlich entsprechend der Wahrscheinlichkeitsverteilung mindestens die Hälfte.
Wenn alle Menschen von der letzten Auswanderungswelle vor 70.000 Jahren abstammen, dann heißt das nur, dass diese alle von Menschen besiedelten Regionen erreichte und alle Habitate erfolgreich besetzte. Die Einheimischen wurden also verdrängt. Das heißt vermutlich recht oft einfach umgebracht, aber nicht immer.
Es konnten sich jedoch keine reinblütigen Populationen der vorherigen Auswanderungswellen erhalten, denn alle Menschen haben zu mindestens 95% oder mehr das Erbgut der letzten Auswanderungswelle in sich.
Das heißt aber nicht, dass sich, auch bei einer zahlenmäßigen Unterlegenheit, Gene aus dem Genpool der Urbevölkerung nicht auch nach der Vermischung behaupten konnten. 50% aller Neugeborenen erlebten nicht das 5. Lebensjahr, und das blieb auch in Europa bis weit in das 19. Jahrhundert so. Die natürliche Selektion hatte also einen großen Spielraum.
Europäer tragen etwa zu circa 2% Neandertalergene. Daher stammen Europäer auch von Neandertalern ab. Diese 2% Neandertalergene sind vielleicht für die hellere Haut und sonstige Anpassungen an Europas Gegebenheiten verantwortlich, denn darin bestand ein Selektionsvorteil. Diese Gene erhielten sich daher Genpool, auch wenn es nur wenige Hybride zwischen sapiens und neanderthalensis gegeben haben mag.
Das heißt auch, dass das Neandertalergenom weitgehend verschwunden sein dürfte, denn überall da, wo Neandertalergene keinen Selektionsvorteil boten, dürften diese bei einem Zahlenverhältnis von weniger als 10% Hybriden binnen 20 Generationen aus dem Genpool verschwunden sein. Das ist einfach Stochastik.
Das Y-Chromosom der Neandertaler und die mDNA der Neandertaler sind daher verschwunden.
Und so haben Europäer zu 98% die Gene der afrikanischen Auswanderer.