Wenn man es an den Chromosomen festmachen möchte, so wie es biologisch getan wird, ist es nicht binär, denn es gibt auch Menschen mit Doppel-Y-Chromosom.
Eine mögliche Vervielfachung des Y-Chromosoms widerspricht nicht der Binarität, denn die macht sich nur daran fest, daß überhaupt ein (Anteil eines) Y-Chromosoms vorhanden ist. Ohne mindestens ein X-Chromosom geht ohnehin nichts.
Die Binarität geht also nicht auf die Gesamtzahl an Y-Chromosomenanteilen zurück, sondern auf
"Y-Chromosom(enanteil) vorhanden" vs. "nicht mal teilweise Y vorhanden".
(Auch das ist noch vereinfacht, da geringe Überträge von Y auf ein anderen Chromosom, in denen die relevanten Steuerungsgene nicht funktional sind, keinen Y-Habitus bedingen.)
Die Binarität liegt darin, daß ein Vorhandensein von bestimmten Steuerungsgenen (üblicherweise auf dem Y-Chromosom, selten an anderem Ort im Genom) der Habitus "männlich" ausgeprägt wird. Die genaue Anzahl von Chromosomen ist eher nebensächlich - binär bleiben die beiden Enden der Skala. Es entsteht (soweit bekannt) niemals ein drittes Ende der Skala.