Natürlich gibt es Nebeneffekte insofern das manche evolutionär vorteilhafte Eigenschaften (bzw. der Kombination von verschiedenen Eigenschaften) eben andere Eigenschaften mit bedingen, wie auch der Beitrag von zuler_tnak ausführlicher bespricht (https://www.heise.de/forum/Telepolis/Kommentare/Wahrhaft-selbstloses-Handeln-ist-aeusserst-selten-oder-tritt-in-Wirklichkeit-ueberhaupt-nie-auf/Tautologischer-Funktionalismus-und-Epiphaenomen/posting-35840139/show/). Diese dürfen auf Dauer nur nicht negative Auswirkungen haben, die die positiven evolutionären Effekte überwiegen.
Beim Rote-Königin-Effekt spricht auch nicht von der Notwendigkeit einer "perfekten" Anpassung (abgesehen davon, das meist als Rote-Königin-Hypothese bekannt ist). Perfekt dürfte ohnehin keine Art angepasst sein, unter anderem da sich die evolutionären Veränderungen immer auf vorherige Strukturen aufbauen müssen.