VernunftIstKeineHexerei schrieb am 01.07.2020 17:33:
Zum Abschluss ein Zitat aus Abschnitt 2.4.2.1 der :
"Für die drei SARS-CoV-2-negativen Proben 340060, 340062 und 340065 erbrachten die Teste zum Genom- Nachweis von SARS-CoV-2 unabhängig von der untersuchten Gen-Region überwiegend richtig negative Ergebnisse (97,8% bis 98,6% richtige qualitative Ergebnisse)"Irgendwie bestätigt das eher meine Auffassung als deine Fantastereien.
Die Tatsache dass für eine positive Diagnose zwei unterschiedliche Genregionen positiv getestet werden müssen hast du jetzt einfach mal überlesen weil...?
Siehe:
Zum positiven Nachweis ist die Untersuchung zweier Regionen des Genoms von SARS-CoV-2 erforderlich (Screeningtest + Bestätigungstest). Der Bestätigungstest ist Teil der Vergütung. Die WHO-Leitlinie zur Labordiagnostik fordert positive PCR-Nachweise an mindestens zwei Stellen des SARS-CoV-2 Genoms und lässt nur in Regionen mit weiter Verbreitung von SARS-CoV-2 Ausnahmen zu.
https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Vorl_Testung_nCoV.html
(Das RKI hat den Text mittlerweile aktualisiert, inklusive Verweis auf Ringversuche.)
Ich hatte das explizit an Hand der Spezifitäten aus dem Instand-Ringversuch durchgerechnet, den Link hatte ich bereits gepostet:
Schlussendlich kommt man da - wie bereits erwähnt - nicht bei ~1,4% raus sondern eher bei ~0,01% falsch-positiven da zur Diagnosestellung beide Tests positiv ausfallen müssen.
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Danke für die Links, FIND kannte ich noch nicht.
Bitteschön.
Schau dir die Konfidenzintervalle an und hör dann bitte auf von 'annähernd 100%' zu fantasieren.
Die festgestellte Spezifität beträgt hier per Definition 100% wenn alle negativen Proben auch negativ getestet wurden. Ich denke das steht außer Frage.
Hinsichtlich des Konfidenzintervalls kommst du auf Grund der kleinen sample-size schlichtweg nicht über 96 hinaus wenn du mit Clopper-Pearson annäherst, selbst wenn alle Tests richtig ausfallen. Mit der doppelten oder dreifachen Testzahl wäre ich auch glücklicher gewesen - aber wer soll das bezahlen? ;)
Oder guck bei INSTAND die Tabelle 3 mit der Spalte 'korrigiert um Verwechslungen'. Da siehst du in der davorliegenden Spalte die Werte, die du im Feld erwarten kannst. Das ist vor allem bei der Negativkontrolle z.T. weit von deinen 100% weg. Da schneiden dann auch die Tests auf die Regionen E und RdRp besonders schlecht ab.
Das steht falsche Ergebniszuordnung, aber nicht ob diese auf Seiten der Labore oder auf Seiten von Instand erfolgte. Instand schreibt in ihren restlichen Testdokumentation, dass die Probennummern online einzugeben sind. Da es sich hier um ein und die selbe Probe handelt die zig-mal getestet wird fällt hier ein einziger Eingabe-/Übertragunsfehler überproportional ins Gewicht. "Im Feld" testest du eine einzige Probe nicht zig- oder gar hundertmal.
Warum soll das Gros der Proben (340059-63) hier nicht repräsentativ für die realen Bedingungen sein, sondern nur die kleine Zahl an Abweichlern bei 64+65? Wirklichkeitsnah wäre hier bei einer einzigen vertauschten Probennummer auch nur von einem vertauschten Ergebnis auszugehen.
Merkwürdig auch, dass die Ergebnisse ohne Angabe der untersuchten Genregion dort als einzige auf 100% kommen. Das hat ein Geschmäckle.
Weil die offensichtlich richtig bestimmt und richtig eingegeben haben? Sorry, aber die liegen auch bei anderen Proben bei 100%. Das ist statistisch weder auffällig noch relevant. Warum soll das merkwürdig sein? Du weißt ja nicht welche Labore welche Tests übermittelt haben.
Genauso wie der Fakt, dass als Kreuzprobe nicht der N63 Stamm genommen wurde, der wenn ich mich recht erinnere die größte Ähnlichkeit zu den SARSCOV2-Stämmen hat.
Definiere "Ähnlichkeit" oder gib mir zumindest eine Quelle auf die du dich beziehst.
Hinsichtlich des BLAST (https://en.wikipedia.org/wiki/BLAST_(biotechnology)) Total Score hast du für COVID-19 bezogen auf 229E ~1640, für COVID-19 bezogen auf N63 ~1700.
Für 229E bezogen auf N63 kommt man auf ~12200.
Das heißt dass 229E und N63 haben - mit Abstand - mehr Ähnlichkeit untereinander als zu COVID-19. Die Scores bezogen auf E, N, S etc. sind gelinde gesagt grottig.
Das Posting wurde vom Benutzer editiert (02.07.2020 02:03).