Tatsächlich hat es den gerne postulierten Konflikt zwischen katholischer Theologie und Naturwissenschaften nie so gegeben. Der große Philosoph und Scholastiker Albertus Magnus (ca. 1200-1280), Lehrer des Thomas von Aquin, war gleichzeitig ein großer Naturforscher. Es gibt Leute, die davon überzeugt sind, dass die Naturwissenschaften 300 Jahre weiter sein könnten, wenn jemand seine Forschungen fortgesetzt hätte. Albert und Thomas waren Dominikaner, also Mönche.
Wilhelm von Ockham (1288 - 1347) war Franziskaner. Sein "Rasiermesser" ist heute noch für die Naturwissenschaften von Bedeutung. Und hätte man einem Johannes Duns Scotus (1266-1308), ebenfalls Franziskaner vom Urknall erzählt, wäre dieser sicher höchst interessiert und auch angetan gewesen.
Bleibt natürlich das bekannte Beispiel des Galileo Galilei (1564-1641). Das war aber etwas anders, als es gerne dargestellt wird. Tatsächlich war der damalige Papst (Urban 8 (?)) sehr an Galileos Arbeit interessiert, er hatte ihn sogar unterstützt. Galileo hatte ihn auch mehrfach besuchen können. Allerdings war jener Papst der Meinung, dass man sich nicht zu sehr auf die Naturgesetze verlassen sollte, schließlich könne der allmächtige Gott ja eingreifen und dann wäre womöglich alles anders. Die Frage des irreführenden Gottes wurde damals von Descartes thematisiert. Galileo war jemand, der wohl nach dem Motto "wer keine Feinde hat, der hat auch keinen Charakter" gelebt hat. Er hat den Papst wg. dieses Glaubens öffentlich lächerlich gemacht. Der Prozess war die Rache dafür.
Die Strafe war dann aber für die damalige Zeit äußerst milde. Er erhielt neun Jahre Hausarrest, konnte aber korrespondieren mit wem er wollte und hatte auch sonst einiges an Vergünstigungen.
Die Probleme waren eher philosphischer Natur und hatten das Denken an sich einschränkenden Charakter. Deshalb gelten die "Pariser Verurteilungen" von 1277 nicht nur als Trennung von Philosophie und Theologie, sondern auch als Geburtsstunde der modernen Naturwissenschaften. Für das Verbot kann man allerdings auch Verständnis aufbringen. Teilweise ganz schön heftig, was da diskutiert wurde.
http://www.hoye.de/ma/ma1277.pdf